Die Expression Profiling Unit ist eine Einheit der Gene Discovery Core Facility an der Medizinischen Universität Innsbruck
(Leiter: Univ. Prof. Dr. Reinhard Kofler)
Institut für Pathophysiologie und Tiroler Krebsforschungsinstitut an der Medizinischen Universität Innsbruck
DNA-Microarray-Analysen gestatten simultane Detektion von Veränderungen in der Expression von Genen, welche durch individuelle oder komplexe Signale im Genom ausgelöst wurden. Sie stellen gegenwärtig die “state-of-the-art” Technologie für eine Reihe von biologischen Fragestellung dar, wie etwa die Identifikation aus dem gesamten Genom von einzelnen differentiell expremierter Genen (“Kandidatengene-Suche”) oder die Erstellung komplexer Expressionsprofile und regulatorischer Netzwerke zur Klassifizierung biologischer Systeme oder komplexer Zellantworten
Die GDCF-EPU der Medizinischen University Innsbruck (MUI) bietet “gene expression profiling” als Service für die Mitglieder der MUI und andere qualifizierte Interessenten an. Wir verwenden die neueste Version des Affymetrix Systems, mit der wir alle kommerziellen Affymetrix Chips inklusive der „high density arrays“ der 2.0 Serie analysieren können. Im Regelfall stellen die Kunden 3-5µg total RNA bereit, wobei geringere Mengen (100-1000ng) u.U. ebenfalls untersucht werden können. Analyse der RNA Quantität und Integrität über OD-Messungen und “Agilent lab-on-a-chip” Technologie sind im Service inkludiert. Der Kunde erhält eine Liste mit den Expressionswerten aller “probe sets” (nach „state-of-the art“ Datennormalisierung) and Tabellen der differentiell expremierten Gene, falls dies erwünscht bzw. zutreffend ist. Zusätzliche bioinformatische Analysen werden von der GDCF-Bioinformatics Unit (F. Überall) angeboten.